Pervarta ir Pirmasis atkurtosios Nepriklausomybės dešimtmetis
1989 m. dauguma išorinių Bažnyčios veiklą ribojusių užtvarų buvo sugriauta. Prasidėjo dinamiška bažnytinių struktūrų plėtra bei vidinis bendruomenių atsinaujinimas. Kauno arkivyskupijai, kaip ir Bažnyčiai visoje Lietuvoje, pradėtas grąžinti sovietų valdžios konfiskuotas turtas, leista dėstyti tikybą mokyklose, atsivėrė aktyvios karitatyvinės, evangelizacinės, kultūrinės, informacinės veiklos galimybės. Arkivyskupijoje buvo atkuriamos ir steigiamos naujos bažnytinės įstaigos, tarnybos ir organizacijos, plėtojamos sekuliarizuotos, šiuolaikinės visuomenės poreikius atitinkančios pastoracijos, evangelizacijos, katechizacijos, šalpos iniciatyvos. Istoriniai ir kitokio pobūdžio veiksniai lėmė, kad Kaune steigėsi nemažai tarpdiecezinių įstaigų bei centrų.
Leidus dėstyti tikybą mokyklose, katechizuoti, prireikė tikybos mokytojų, mokymo medžiagos bei metodų. Spręsti šias problemas visos Lietuvos mastu ėmė 1991 m. Kaune įsteigtas Lietuvos katechetikos centras. Katechetų ir tikybos mokytojų darbui koordinuoti Kauno arkivyskupijoje 1991 m. buvo įkurtas arkivyskupijos Katechetikos centras. Stengiantis bent iš dalies patenkinti tikybos mokytojų poreikį, 1990 m. prie Kauno tarpdiecezinės kunigų seminarijos pradėti rengti pradinių klasių tikybos mokytojų kursai, 1993 m. pertvarkyti į neakivaizdinę katechetų mokyklą prie Kauno kunigų seminarijos Teologijos fakulteto.
1990 m. Vytauto Didžiojo universitete atkurtas Teologijos fakultetas. Trūkstant krikščioniškos orientacijos socialinių darbuotojų, Lietuvos Caritas ir JAV Vyskupų Konferencijos pastangomis Vytauto Didžiojo universitete nuo 1992 m. pradėjo veikti tokius darbuotojus rengiantis Socialinės rūpybos profesinių studijų centras.
Jėzuitai Kaune nuo 1991 m. ėmė pamažėle nauja dvasia pertvarkyti susigrąžintą gimnaziją. Norėdami gerinti suaugusiųjų religinį švietimą, jėzuitai į Lietuvą švietimo kursų rengti pakvietė Škotijos Craigheado „Gyvenimo ir tikėjimo" instituto darbuotojus. Po metų šį darbą jau tęsė patys lietuviai. Norintiems įgyti muzikinę profesiją 1991 m. įsteigta Kauno sakralinės muzikos mokykla. Lietuvos Kolpingo draugija, siekdama padėti prisitaikyti Lietuvos žmonėms prie naujo gyvenimo sąlygų, 1993 m. Kaune įkūrė Kolpingo mokymo centrą, mokiusį dirbti kompiuteriais.
Ne mažiau Bažnyčiai rūpėjo vargo mažinimo, šeimos ugdymo ir stiprinimo problemos. Šioje srityje daug nusipelnė Caritas sąjūdis, 1988 m. atsikūręs Kaune kaip katalikiškasis moterų sambūris ir 1991 m. perorganizuotas į dvasininkų ir pasauliečių susivienijimą karitatyvinei veiklai plėtoti bei socialinėms problemoms spręsti. Caritas mezgė ryšius su užsienio pagalbos organizacijomis, koordinavo labdaros srautus iš užsienio, steigė labdaros vaistines, labdaros dalijimo punktus, valgyklas vargšams, senelių namus, prieglaudas, inicijavo ne vieną reikšmingą socialinį projektą savivaldybių lygmeniu. Nuo tų pačių metų spalio mėnesio leidžiamas mėnesinis žurnalas „Caritas“, 1997 m. pervadintas „Artuma“. Nuo 1989 m. Kauno arkivyskupijoje veikė ir atskira arkivyskupijos ganytojui pavaldi Caritas organizacija. Caritas federacijoje gana stipri buvo Šeimos reikalų sekcija, vėliau išsiplėtojusi į Lietuvos Vyskupų Konferencijai pavaldų ir Kaune įsikūrusį Lietuvos šeimos centrą.
Tarp socialinio pobūdžio iniciatyvų minėtina ir nuo 1990 m. Kaune veiklą pradėjusi jaunimo organizacija Actio Catholica Patria, globojusi apsitarnauti nepajėgiančius pagyvenusius žmones bei vežiojusi jiems į namus karštą maistą, taip pat vykdžiusi jaunimo socialinio švietimo projektus.
Arkivyskupijoje vėl viešai ėmė veikti vyrų ir moterų vienuolijos. Jėzuitai atgavo Kaune Šv. Pranciškaus Ksavero bažnyčią, namus ir gimnaziją. Marijonai Kaune susigrąžino savo vienuolyną, ėmė administruoti Šv. Gertrūdos bažnyčią. Pranciškonai perėmė Šv. Jurgio bažnyčią ir įsikūrė šalia jos esančiame konvente. Kapucinams buvo patikėta Kauno Petrašiūnų parapijos ir Dotnuvos pastoracija. Palemone įsikūrė centriniai saleziečių namai; saleziečiai ėmė rūpintis šios parapijos sielovada.
1993 m. balandžio 17–18 d. per Atvelykį Kauno sporto halėje surengta Vilties šventė (drauge su prancūzų misionieriais) – pirmasis masinis evangelizacinis renginys, pradėjęs pasirengimą Dutūkstantajam krikščionybės jubiliejui. Tais pat metais per Sekmines Kaune surengiamas (drauge su JAV katalikų charizminio judėjimo komanda „Renewal ministry“ ) evangelizacinis renginys FIRE, sutraukęs tūkstančius dalyvių – maldos grupių, kitų bendruomenių, jaunimo etc. Evangelizacinėmis iniciatyvomis išsiskyrė charizminė katalikų bendruomenė „Gyvieji akmenys".
Aktyvią veiklą išplėtojo Vargdienių seserų kongregacija; 1995 m. Kaune buvo pašventinti jai priklausantys Palaimintojo Jurgio Matulaičio namai, kuriuose įsikūrė seserų vienuolynas ir Visuomeninės veiklos ir studijų centras. 1992 m. į Pažaislį grįžo kazimierietės, benediktinėms grąžinta Šv. Mikalojaus bažnyčia Kaune. 1994 m. Paštuvoje įsikūrė basųjų karmeličių vienuolynas, tais pačiais metais Kaune ėmė veikti seserys salezietės. Įvairių Kauno arkivyskupijoje veikusių kongregacijų seserys įsitraukė į šviečiamąjį, katechetinį, administracinį darbą bažnytinėse ir kitokiose įstaigose bei organizacijose. Seserų kongregacijos stengėsi atnaujinti savo įstatus bei veiklą vadovaudamosi Vatikano II Susirinkimo gairėmis.
Viešajame arkivyskupijos gyvenime ėmė reikštis atsikūrusios ir naujai susikūrusios organizacijos: ateitininkai, skautai, Vyskupo M. Valančiaus blaivybės sąjūdis, valančiukai, Katalikių moterų sąjunga, Katalikų mokytojų sąjunga, Lietuvos katalikiškųjų mokyklų pedagogų asociacija, Lietuvių katalikų mokslo akademijos skyrius. Steigtis pradėjo tarptautinių organizacijų – Maltos pagalbos tarnybos, Kolpingo draugijos, Samariečių bendrijos, Taizé bendruomenės grupės. Atsirado naujų maldos grupių bei bendruomenių.
Pirmuosius laisvėjimo metus ženklino pakili, šventiška nuotaika. Išsisklaidžius atgimimo euforijai, teko mokytis sistemingo krikščioniškojo veikimo, kantraus kasdienio evangelizacinio bei socialinio darbo. Gairių tokiam darbui suteikė popiežiaus Jono Pauliaus II apaštališkoji kelionė į Lietuvą 1993 m. rugsėjį.
Per šv. Mišias Kauno Santakoje rugsėjo 6 dieną Šventasis Tėvas akino iš pagrindų atnaujinti visuomeninį, šeimų, asmeninį ir tautinį gyvenimą, liudyti Kristų pirmiausia asmeniniu gyvenimu, nuoširdžiai derinamu prie Evangelijos, pabrėžė šeimos kaip „namų Bažnyčios", kur prasideda naujosios kartos evangelizacija, nepamainomą vaidmenį. Tą pačią dieną kreipdamasis į jaunimą Kauno Dariaus ir Girėno stadione, popiežius ragino neklausyti klaidingų pranašų, pažinti Dievo žodį, siekti vidinio išlaisvinimo per Sutaikinimo sakramentą, būti Bažnyčios ir Lietuvos ateities kūrėjais.
Po popiežiaus apsilankymo toliau buvo plėtojamos esamos ir, atsiliepiant į laiko iššūkius bei reikalavimus, kuriamos naujos bažnytinės struktūros bei iniciatyvos. Siekiant išjudinti jaunimo veiklą parapijose, 1994 m. įsteigtas arkivyskupijos Jaunimo centras. Koordinuoti pastoraciją arkivyskupijos ganytojui padeda nuo 1995 m. veikianti Pastoracinė taryba. Dėmesį šeimų problemoms liudija 1996 m. įsteigtas arkivyskupijos Šeimos centras. 1997 m. atsirado finansines paslaugas teikianti Kauno arkivyskupijos kredito unija. Suvokta didesnio dėmesio estetinėms bei meninėms vertybėms būtinybė: 1996 m. įsteigta arkivyskupijos Bažnytinio meno komisija, 1999 m. atkurtas prieškariu veikęs arkivyskupijos Bažnytinio meno muziejus. 2001 m. Kauno arkivyskupija ir Lietuvos kultūros ministerija pasirašė sutartį dėl kardinolo Vincento Sladkevičiaus muziejaus steigimo. Nuo 1998 m. arkivyskupijos gyvenime taip pat ėmė reikštis Leidybos ir informacijos centras „Už gyvybę", skleidžiantis pagarbos gyvybei idėjas. Siekiant perteikti krikščioniškosios santuokos bei šeimos prasmę, 1997 metais arkivyskupijoje pradėti rengti kursai norintiems susituokti bažnyčioje.
Siekiant deramai pristatyti Kauno Bažnyčią šiuolaikinėmis komunikacijos priemonėmis, ieškant naujų, sielovadai svarbių komunikacijos galimybių, skatinant arkivyskupijos bendruomenės bendravimą ir bendradarbiavimą, 1998 m. įkurta arkivyskupijos kurijos Spaudos tarnyba ir pirmoji arkivyskupijos interneto svetainė. Įsteigta Katalikų interneto tarnyba, jai pavedama rūpintis oficialia Katalikų Bažnyčios Lietuvoje interneto svetaine. 1998 m. pradėtas leisti oficialus arkivyskupijos informacijos biuletenis „Kauno arkivyskupijos naujienos“, skirtas kunigams bei aktyviems sielovados bendradarbiams, katalikiškoms institucijoms bei organizacijoms; atsiradus galimybei 2003 m. atidaryti naują arkivyskupijos svetainę popierinio leidinio leidyba nutraukta ir tapo internetiniu arkivyskupijos naujienų periodiniu aplinkraščiu „Kauno arkivyskupijos kronika“. 2010 m. – keičiantis techninėms galimybėms ir pastoracijos poreikiams – atidaryta jau trečioji arkivyskupijos internetinė svetainė. Be to, svetainės buvo kuriamos iškilių įvykių progomis: Lietuvos Eucharistinio kongreso, Kauno arkivyskupijos 75-ųjų įkūrimo jubiliejui, Kauno arkivyskupijos jaunimo dienai.
Lietuvos II Eucharistinis kongresas Kaune – per Jubiliejinių 2000-ųjų slenkstį
Laisvės dešimtmetį savotiškai vainikavo įvairiais renginiais bei iniciatyvomis paminėtas Didysis Jėzaus Kristaus Gimimo 2000 metų jubiliejus, kurio pagrindinis įvykis Lietuvos ir Kauno arkivyskupijos gyvenime buvo birželio 1–4 d. Kaune vykęs Lietuvos II Eucharistinis kongresas „Jėzus - tikroji Gyvenimo Duona". Eucharistiniu kongresu siekta atnaujinti asmeninį susitikimą su Jėzumi bei pagarbą Švenčiausiajam Sakramentui, atgaivinti bendruomeninį Eucharistijos šventimą, paliudyti beatodairišką Viešpaties meilę, tikėjimo džiaugsmą ir Bažnyčios vienybę. Kongreso rengimu rūpinosi Kauno arkivyskupo S. Tamkevičiaus vadovaujamas organizacinis komitetas.
Rengimasis Jubiliejaus metams ir Lietuvos II Eucharistiniam kongresui ženklino naują bažnytinio gyvenimo brandos pakopą. Į šeimų lankymo akciją 1999 m. pabaigoje įsitraukė daug savanorių, ikikongresiniuose darbuose talkino daugelis katalikų organizacijų, sambūrių bei pašvęstojo gyvenimo bendruomenių. Rengimasis Eucharistijos šventei suvienijo ganytojus, kunigus, vienuolius ir pasauliečius, paskatino bendradarbiauti įvairaus amžiaus, visokių specialybių ir net skirtingų konfesijų žmones.
Eucharistinis kongresas buvo reikšmingiausias Lietuvos ir Kauno arkivyskupijos bažnytinio gyvenimo įvykis po popiežiaus Jono Pauliaus II apsilankymo 1993 metais. Kongreso dalyvių skaičius pranoko organizatorių lūkesčius. Per baigiamąsias šv. Mišias, kuriose dalyvavo daugiau kaip 50 tūkst. tikinčiųjų, arkivyskupas S. Tamkevičius perskaitė Lietuvos pasiaukojimo Švč. Jėzaus Širdžiai aktą. Pasak arkivyskupo, dar niekada „atgavus nepriklausomybę iš Lietuvos žemės į dangų nekilo tokia šlovinimo giesmė, kokia buvo šis Eucharistinis kongresas“.
