Nuo tada jau kaip vyskupas, ganytojas, organizatorius ir įkvėpėjas lydėjo Bažnyčios žingsnius pirmaisiais atkurtosios Nepriklausomybės metais ir rūpinosi bažnytinio gyvenimo atkūrimu visose jo srityse. „Visur mačiau augančią Bažnyčią ir už tai galėjau tik dėkoti Dievui“, – rašo savo atsiminimų knygoje „Viešpats mano šviesa“ (Kaunas, 2013). Vyskupas Sigitas teikė Kunigystės šventimus pirmiesiems atkurtosios Nepriklausomybės laikotarpio seminaristams, atšventino sovietų valdžios nusavintas ir sugrąžinamas bažnyčias, rūpinosi tikybos mokymu mokyklose nuo 1991 metų LVK pavedimu vadovaudamas tarpdiecezinei Katechetikos komisijai. Buvo atkurtosios Lietuvos Caritas organizacijos pirmininkas. Nuo 1992 m. jo rūpesčiu įkurtas LKB Informacijos centras, kuriam ir vadovavo, pradėjo leisti LKBIC Informacinį biuletenį, vėliau tapusį leidiniu „Bažnyčios žinios“.

Arkivyskupo ingresas vyko Kauno arkikatedroje 1996 m. gegužės 19 dieną, kartu minint Lietuvos bažnytinės provincijos įkūrimo 70-metį. Birželio 29 d. Romoje, Šv. Petro bazilikoje arkivyskupui Sigitui Šventasis Tėvas Jonas Paulius II įteikė palijų: „Buvau giliai sujaudintas, kai įteikiant palijų popiežius pakilo ir apkabinęs pasveikino. Priimdamas palijų padėkojau popiežiui už jo meilę Lietuvai ir paprašiau, kad per mane laimintų visus lietuvius.“

Su arkivyskupo Sigito vadovavimu susijęs ypač veržlus, įvairias sielovados sritis, bažnytines institucijas atnaujinęs ir sustiprinęs arkivyskupijos gyvenimo etapas. 1997 m. Kauno arkikatedroje arkivyskupas įšventino vyskupus Rimantą Norvilą ir Eugenijų Bartulį, Joną Ivanauską (2003 m.) ir Kęstutį Kėvalą (2013 m.).

Įkūrė naujas parapijas (Pal. Jurgio Matulaičio ir Gerojo Ganytojo, vėliau Šv. Jono Pauliaus II Kaune, Šv. Jono – Jonavoje), rūpinosi tautos laisvės simboliu vadinamos paminklinės Kristaus Prisikėlimo bažnyčios atstatymu (konsekruota 2004 metais, 2015 m. suteiktas bazilikos titulas). Stojantiems į Kauno kunigų seminariją įkūrė Parengiamąjį kursą. Stiprino bažnytines institucijas, paskirdamas jų veiklai buvusį seminarijos pastatą (Papilio g. 5), VDU Katalikų teologijos fakultetui – Šv. Zitos draugijos rūmus. Arkivyskupas yra VDU KTF Didysis kancleris.

Arkivyskupo rūpesčiu įsteigta Katalikų interneto tarnyba, nuo 1997 m. pradeda gyvuoti oficiali LKB interneto svetainė, nuolat kuriami ir palaikomi svarbiausių Bažnyčios gyvenimo įvykių puslapiai. Netrukus sukurtos visų Lietuvos vyskupijų ir kai kurių parapijų bei institucijų svetainės, pradedami interneto projektai biblija.lt, katekizmas.lt, vėliau sukurtas ir Jono Pauliaus II piligrimų kelio portalas. Pirmoji lietuviška vyskupijos svetainė buvo skirta Kauno arkivyskupijai (įkurta 1998 m. pabaigoje, antroji veikė 2002–2010 m., o nuo 2011-ųjų – dabartinė; 2013 m. pradėtas gyvavimas ir feisbuko socialiniame tinkle). 1999 m. arkivyskupas įkūrė Bažnyčios kronikos fondą, kasmet pasaulinės visuomenės komunikavimo dienos proga skiriantį apdovanojimus žurnalistams už krikščioniškųjų vertybių sklaidą viešojoje erdvėje. Pats arkivyskupas kas savaitę rašo tekstus Valstiečių laikraščiui, honorarą skirdamas labdaros fondui Kaimo vaikai. Tais pačiais 1999 metais įkūrė Kauno arkivyskupijos muziejų.

Laimino bei palaikė Atsinaujinimą Šventojoje Dvasioje, charizmines maldos grupes ir bendruomenes. Tai, arkivyskupo žodžiais, „davė naują impulsą sparčiau dvasiškai augti leidžiant veikti Šventajai Dvasiai“. Kaune tebevyksta Atsinaujinimo dienos, pradėtos rengti 1996 m.

1999 m. arkivyskupas Sigitas Tamkevičius drauge su Lietuvos vyskupais dalyvavo Ad limina Apostolorum, vėliau – ir 2006 bei 2015 metais.

LVK skyrimu vadovavo Lietuvos II Eucharistinio kongreso pasirengimui, kuris vyko 2000 m. birželio 1–4 d. Kaune (beje, I tautinis eucharistinis kongresas surengtas 1934 metais taip pat Kaune). Šis kongresas tapo Didžiajam 2000 m. krikščionybės jubiliejui paminėti skirtas renginys. „Ilgai ruoštas Kongresas pranoko lūkesčius, palikdamas daugelio širdyse neužmirštamų žmogiškos bendrystės ir išgyvento Dievo artumo prisiminimų.“

Pas Viešpatį 2000 m. iškeliavus kardinolui Vincentui Sladkevičiui, įsteigė jo atminimui skirtą memorialinį muziejų. Šiuo laikotarpiu pradėtos naujos arkivyskupijos bendruomenę ypač telkiančios maldos ir renginių iniciatyvos: pradėta švęsti Arkivyskupijos dangiškojo globėjo Šv. Jono Krikštytojo diena (jos proga kasmet Šiluvos Dievo Motinos medaliais apdovanojami labiausiai nusipelnę arkivyskupijos bendruomenės nariai), rengiamos daug žmonių sutraukiančios Devintinių, bei Kryžiaus kelio procesijos Didįjį penktadienį Kauno gatvėmis, organizuojamos kasmetinės arkivyskupijos jaunųjų ministrantų stovyklos. Arkivyskupas sveikino bei rėmė katalikiškųjų mokyklų steigimąsi Kaune. Puoselėjo akademinę sielovadą – skyrė kapelionus universitetams. Yra arkivyskupijos „Caritas“ pirmininkas. Rūpinosi aktyvia ligonių bei jų slaugytojų sielovada – paskyrė kapelionus ligoninėms, labai skatino kunigus rūpintis savo sergančiais parapijiečiais, laimino ekstraordinarinių komunijos nešėjų parengimą ir 2013 m. paskyrė pirmąją grupę pasirengusių pasauliečių.

2007 metais arkivyskupas Sigitas vadovavo Kauno arkivyskupijos antrajam sinodui, pasirengimas jam vyko ketverius metus, patvirtino jo nutarimus, numačiusius bažnytinio gyvenimo atnaujinimą visose srityse (pirmasis arkivyskupijos sinodas vyko 1936 metais).

Su 2003 metais Jono Pauliaus II piligrimų centru Šiluvoje pašventinimu prasidėjo naujas arkivyskupo S. Tamkevičiaus vadovaujamas šios piligriminės arkivyskupijos bei visos Lietuvos šventovės gyvavimo etapas. Arkivyskupas vadovavo Švč. Mergelės Marijos apsireiškimo Šiluvoje 400 metų jubiliejaus paminėjimo komitetui, o vėliau jo šventimo iškilmėms su popiežiaus pasiuntiniu kardinolu Joachimu Meisneriu 2008-ųjų rugsėjį Šilinėse. „Jubiliejiniuose renginiuose apsilankė rekordiškai daug piligrimų, todėl nenuostabu, kad ir vėliau pagausėjo žmonių apsilankymų Šiluvoje paprastomis dienomis bei sekmadieniais. Šis Švč. Mergelės Marijos apsireiškimo jubiliejus buvo labai kristocentriškas, nes jis nešė žinią – Per amžius tebus garbinamas Dievo Sūnus. Pasibaigus jubiliejui arkivyskupas įsteigė Šiluvos Marijos draugiją.

Šiluva, 2007 metais tapusi kuriamo Jono Pauliaus II piligrimų kelio dalimi, šį jubiliejų arkivyskupo rūpesčiu pasitiko visiškai atsinaujinusi: įrengta sakrali aikštė tarp Bazilikos ir Apsireiškimo koplyčios (įgyvendinant dar prieškariu sumanytą arkivyskupo Juozapo Skvirecko projektą), įkurtas Piligrimų informacijos centras, Šiluvos istorijos muziejus, įrengti Rožinio koplytstulpiai. 2013–2014 m. įrengtas piligrimų takas su Kryžiaus kelio koplytėlėmis per Šiluvos šilą. Kasmet, jau daugiau kaip penkis šimtmečius, į Šiluvą švęsti Švč. M. Marijos Gimimo atlaidų suvažiuoja dešimtys tūkstančių piligrimų ne tik iš Lietuvos. Aikštėje juos pasitinka 1993 metais Šiluvą aplankiusio šv. Jono Pauliaus II paminklas (pastatytas 2008 m.). 2011 m. arkivyskupas inicijavo ir pašventino šv. Jono Pauliaus II paminklą Kauno Santakoje jo apaštališkajam vizitui Lietuvoje atminti.

Dar pradėdamas savo ganytojišką tarnystę Kauno bažnyčioje arkivyskupas S. Tamkevičius sakė: „Nebūsiu tylintis vyskupas.“ Todėl visomis įmanomomis progomis ir galimybėmis jis gina Bažnyčios reikalus ir jos puoselėjamas krikščioniškąsias vertybes visuomenėje: „Ginti tikėjimą ir krikščioniškąsias vertybes buvo aktualu ne tik sovietiniais, bet ir laisvės metais. Atėjome iš totalitarinės sistemos, kuri buvo pavergusi daugelio žmonių protus ir širdis. Neišsilaisvinusiems žmonėms Bažnyčia ir laisvoje Lietuvoje liko svetima. Jie mielai būtų laikę kunigus ir Bažnyčią po septyniais užraktais. Todėl nuolat reikėjo dėti pastangų, kad būtų paisoma Bažnyčios teisių ir ji būtų pagarbiai traktuojama.“ Bendra su kitomis krikščionių Bažnyčiomis iniciatyva 2011 m. Kaune surengiamos dvi ekumeninės konferencijos (su arkivyskupo pranešimais jose), sausį – tarptautinė, lapkritį – respublikinė, priimami ekumeniniai (katalikų, ortodoksų, evangelikų liuteronų ir kt. krikščioniškų bendrijų) komunikatai šeimai kaip valstybės ir Bažnyčios pagrindui, santuokos ir šeimos ryšiui tvirtinti. Kaune surengiamos Šeimų šventės.

2011 m. arkivyskupas savo dekretu pradeda arkivyskupijoje (ir Lietuvoje) nuolatinį diakonatą, įsteigia Nuolatinių diakonų ugdymo centrą.

2013 metais iškilmingai, dalyvaujant popiežiaus Pranciškaus pasiuntiniui Krokuvos kardinolui Stanisławui Dziwiszui, paminėtas Kauno arkikatedros 600 m. jubiliejus. Arkivyskupas pašventina jo iniciatyva arkikatedroje įrengtą Šv. Jono Pauliaus II altorių su čia gerbiama šventojo relikvija.

Arkivyskupo vadovaujama arkivyskupijos bendruomenė atsiliepia į naujosios evangelizacijos iššūkius. „Šv. Valentino diena KITAIP“ išaugo į didžiulį kasmetinį renginį jaunimui miesto „Žalgirio“ arenoje. 2013 m., artėjant Lietuvos jaunimo dienoms Kaune, pradėtos rengti Miesto misijų dienos – evangelizaciniai renginiai miesto erdvėse (pvz., susitikimai su kunigais kavinėse). „Šie susitikimai buvo tarsi atliepas į popiežiaus Pranciškaus raginimą išeiti iš bažnyčių ir skelbti Kristų visur, kur tik tai yra įmanoma.“ Evangelizacijos reikmėms skirtas naujasis Šv. Jono Krikštytojo centras.

2013 m. rugsėjį arkivyskupas Sigitas Tamkevičius išsiuntė Šventajam Tėvui atsistatydinimo prašymą pagal Kanonų teisės 401-ąjį kanoną (sulaukus 75-erių metų amžiaus), o 2015 m. birželio 11 d. popiežius Pranciškus priėmė jo atsistatydinimą ir paskyrė Panevėžio vyskupą Lionginą Virbalą Kauno arkivyskupu metropolitu, kuris savo pareigas pradėjo eiti nuo ingreso – įžengimo į sostą – dienos, t. y. 2015 m. liepos 11 d.

Tarnaudamas arkivyskupu emeritu, talkina arkivyskupijos sielovadoje susitikimais su žmonėmis bei ganytojiškuoju žodžiu, homilijomis, įvairiais tekstais, pokalbiais, kurių dažnai prašo ir visuomeninė žiniasklaida, taip padėdamas laisvės sąlygomis neprarasti moralinių orientyrų, daugiau mąstyti apie dvasinius dalykus, ginti ir saugoti moralines vertybes, ieškoti kelių į Dievą. „Laisvę reikia statyti ant tiesos, dorybių, ypač meilės bei pagarbos žmogui uolos. Laisvė yra tokia Dievo dovana, už kurią kasdien reikia mokėti didelę kainą. Gal ne tokią, kokią mokėjo partizanai, politiniai bei sąžinės kaliniai ar pogrindžio spaudos pionieriai, bet pakankamai didelę. Nemokėdami šios kainos, rizikuojame tapti dvasios vergais. <...> Pirmiausia reikia išsilaisvinti savo dvasia, kad mums per maža būtų nesulaužyti kurio nors Baudžiamojo kodekso paragrafo, bet kad mūsų sąžinė visuomet liudytų, jog renkamės ne tik tai, kas mums asmeniškai naudinga, bet kas tarnauja bendram gėriui, Lietuvos gėriui. Tai pakankamai aukštai iškelta laisvės kartėlė“  Bet tokia yra tikros laisvės kaina“, – sakėKovo 11-osios minėjime LR Seime.

2016 m. gegužės 22 d., švenčiant Švč. Trejybę, Kauno arkikatedroje bazilikoje arkivyskupas dėkojo Dievui už vyskupystės 25-erių metų jubiliejų.  Iškilmingoje Eucharistijoje susirinko gausus svečių ir arkivyskupijos bendruomenės būrys. Šia proga sveikinimą ir apaštališkąjį palaiminimą atsiuntė popiežius Pranciškus.  Šv. Mišiose dėkojo Dievui už visus žmones, kuriuos sutiko savo kelyje – vyskupus, kunigus, seseris vienuoles, dėkojo už jam brangius pasauliečius, aktyviai, su idealizmu ir uolumu įsitraukusius į Bažnyčios darbą. Ypač dėkojo už žmonių maldas.

2016 m. vasarą po 30 metų sugrįžo į tremties vietas Sibire, lankė čia gyvenančių lietuvių bendruomenes. „Kiek daug gerumo Viešpats parodė tomis dienomis", – pasidžiaugė aplankęs savo tremties vietas, sutikęs pirmoje tremties vietoje Staro Sainakovo kaime žmonių, kurie jį prisiminė.

2017 m. birželio 27 d. arkivyskupui emeritui Sigitui Tamkevičiui buvo įteiktas Lietuvos šaulių sąjungos Garbės šaulio vardo ženklas. Šis apdovanojimas suteiktas už tarnystę Lietuvai ir Šaulių sąjungos vertybių puoselėjimą. Apdovanojimą įteikė kurijoje apsilankę Šaulių sąjungos vadovai.

2018 m., minint 27-ąsias Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimo metines, lankėsi Juozo Vitkaus inžinerijos batalione, pasidalijo su kariais prisiminimais apie laisvės Lietuvai siekusius disidentus, dvasininkų pavyzdžius.

2018 m. lapkričio 7 d. Kauno arkikatedroje bazilikoje buvo švenčiama padėkos Eucharistija už arkivyskupo Sigito Tamkevičiaus gyvenimą 80 metų jubiliejaus proga. Susirinko bemaž 70 dvasininkų, taip pat diakonai, seminaristai, seserys vienuolės, bažnytinių institucijų darbuotojai, kad kartu pasimelstų už ganytoją, kuris didžiąją savo gyvenimo dalį, 1962 metais priėmęs kunigo, o vėliau, 1991 metais, vyskupo šventimus, taip pat jau 50 metų būdamas Jėzaus Draugijos narys, atidavė ištikimai ir drąsiai tarnaudamas Dievui ir Bažnyčiai. Arkivyskupas dėkojo savo tarnystės pagalbininkams ir bendradarbiams, o homiliją užbaigė šv. Ignaco malda: „Viešpatie, leisk man duoti ir neskaičiuoti, kovoti ir nepaisyti žaizdų, dirbti ir neieškoti poilsio, aukotis ir negalvoti apie atlygį; atlygiu tebūnie Tavo šventos ir dieviškos valios išpildymas.“

Savo bendradarbiams ir pagalbininkams, ypač drąsiesiems kunigams, arkivyskupas dėkojo ir Kaune 2018 m. lapkričio 9 d. minint Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komiteto įsteigimo 40-metį.

2019 m. sausio 9 d. Istorinėje Prezidentūroje arkivyskupui buvo įteikta Stasio Lozoraičio premija. Šią premiją Lietuvos žurnalistų draugija skyrė kaip pagarbos ir padėkos ženklą už drąsų pasiryžimą sovietmečio tironijos sąlygomis leisti „Lietuvos Katalikų Bažnyčios kroniką“, už išmintį ir apdairumą telkiant bendradarbius, už skrupulingą įsipareigojimą net ir nuolat jaučiant sovietų teismų, kalėjimų grėsmę skelbti vien tikrus faktus, už atsakomybės ir pilietiškumo pamokas. „Jo veikla Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komitete ir pamatinių žmogaus teisių gynimas yra neatsiejami nuo pilietiškos žiniasklaidos“, – buvo rašoma Lietuvos žurnalistų draugijos pranešime.

2019 metų vasarą arkivyskupas S. Tamkevičius su lietuvių piligrimų grupe lankėsi Baltarusijoje ir Rusijoje, keliavo palaimintojo Teofiliaus Matulionio, kitų lietuvių kančių keliais, aukojo šv. Mišias prie Vladimiro kalėjimo. Tai buvo trečioji jo piligriminė kelionė tremties keliais. Arkivyskupui ypatingų minčių sukėlė dar kartą pravažiuotos lagerių teritorijos, kuriose dar palyginti neseniai ir pačiam teko kalėti. Aplankytas, be kita, Vladimiro (prie Kliazmos) miestas, kuriame esančiame kalėjime kalėjo arkivyskupas Teofilius Matulionis ir ne vienas lietuvis, tame tarpe ir čia kalėję bei mirę Dievo tarnas arkivyskupas Mečislovas Reinys, kun. Vladas Mironas. Melstasi šio miesto senosiose kapinėse, kuriose buvo laidojami kaliniai.  Arkivyskupas Sigitas Tamkevičius SJ tada pasidalijo lūkesčiu, kad vis daugiau žmonių išgirs popiežiaus Pranciškaus Lietuvoje 2018 m. rugsėjį išsakytą kvietimą pažinti savo tautos kankinius.

2019 m. rugsėjo 1 dieną popiežius Pranciškus paskyrė Kauno arkivyskupą emeritą Sigitą Tamkevičių kardinolu drauge su dvylika kitais naujų kardinolų. Popiežiaus Pranciškaus bulė, kuria Šventasis Tėvas skyrė jį Kardinolų kolegijos nariu bei pavedė jo globai Šv. Angelės Meriči Romoje.

Popiežius Pranciškus, tų metų rugsėjį susitikęs su Šventojo Sosto komunikacijos dikasterijos nariais ir Vatikano informacijos tarnybų darbuotojais, kalbėjo apie krikščioniškojo liudijimo svarbą ir paminėjo kardinolu skiriamo Kauno arkivyskupo emerito Sigito Tamkevičiaus liudijimą. „Matau prieš save lietuvį arkivyskupą (Gintarą Grušą, red. past.) ir galvoju apie Kauno arkivyskupą emeritą (Sigitą Tamkevičių), dabar skiriamą kardinolu. Kiek metų tas vyras praleido kalėjime? Savo liudijimu, kentėjimu jis daug nuveikė. Bažnyčios gyvybė yra mūsų kankiniai, o ne artistai, ne didieji pamokslininkai, ne viso ir tikro tikėjimo sergėtojai. Esame kankinių Bažnyčia. Reikia šitai skelbti, reikia komunikuoti šį didelį mūsų turtą.“

2019 m. spalio 5 d. Vatikane iškilmingos viešosios konsistorijos metu paskirtasis kardinolas Sigitas Tamkevičius buvo priimtas į Kardinolų kolegiją. Trylikai ganytojų įteiktos kardinoliškos insignijos. Kiekvieną naują kardinolą popiežius Pranciškus pasveikino apsikabindamas. Tą akimirką, apkabindamas kardinolą, popiežius paminėjo kankinystę ir pastebimai susigraudino, tuo parodydamas, jog nepamiršta mūsų tautos, mūsų tikėjimo ir laisvės kankinių.

2019 m. spalio 19 d. Kauno arkikatedroje bazilikoje buvo švenčiamos Padėkos šv. Mišios. Sveikinimo žodį taręs apaštalinis nuncijus arkivyskupas Petaras Antunas Rajičius atkreipė dėmesį, jog Katalikų Bažnyčia yra labai nukentėjusi nuo fašizmo, nacizmo ir komunizmo ideologijų, neigusių Dievą ir nuvertinusių žmogų. Tarp Europos katalikų iškildavo arkivyskupai, kurie priešinosi ne ginklais, bet žodžiais ir darbais, vien liudydami iš Dievo ateinančią tiesą. Jie buvo popiežių paskirti kardinolais už jų gyvenimo liudijimą. Toks yra ir kardinolas Sigitas. „Dėkojame Dievui, kad davė savo Bažnyčiai tokių tikėjimo žmonių ir liudytojų-kankinių. Sekime jų tikėjimo ir meilės pavyzdžiu, kad būtume verti ir mes šiandien liudyti iš Dievo kylančios tiesos ir meilės grožį“, – sakė nuncijus sveikinimo žodyje.

2020 m. sausio 26 d., tądien pirmąkart Bažnyčioje švenčiant Dievo Žodžio sekmadienį, įvyko kardinolo Sigito Tamkevičiaus iškilmingas įžengimas į popiežiaus Pranciškaus jo globai skirtą Romos vyskupijos Šv. Angelės Meriči bažnyčią. Kardinolas buvo džiaugsmingai sutiktas ir pasveikintas parapijos bendruomenės, lietuvių bendruomenės Romoje Iškilmėse gausiai dalyvavo lietuviai dvasininkai, piligrimų grupė iš Lietuvos.